Desde la creación oficial del Territorio en 1928, la ciudad de Puerto Aysén fue la capital de este teniendo a su cargo las comunas de Yelcho, Aysén, Lago Buenos Aires y Baker. Posteriormente la zona se nombró Provincia.
En 1947 se crea la comuna-subdelegación de Coyhaique, en esa época era innegable que el antiguo Baquedano llamaba la atención en la zona, su imagen de ciudad moderna, un explosivo aumento de habitantes, el traslado de los servicios públicos era contrastada por un Puerto Aysén que no dejaba su aspecto de pueblo pintoresco.
Con esta gran desventaja y considerando el poder de los empresarios ganaderos que movían la economía del sector, poco a poco la capital comenzaría a perder terreno en el reconocido título de cabecera.
En los 50’s la disputa por cual sería el lugar en donde se construiría el Puente sobre el Río Aysén, ya daba señales de la intención de postergar a la capital de la entonces provincia, los puertoaiseninos querían la estructura en el sector balsa, ya que el tránsito desde Puerto Chacabuco pasaría por la principal arteria comercial dando más movimiento a la ciudad, al contrario de la intención de coyhaiquinos que querían el Puente en el sector de Puerto Dunn, pensando en una vía más expedita para llegar directo a Coyhaique, la decisión final ya la conocemos.
Después de 1966, con el Puente recién inaugurado, Puerto Aysén tenía un futuro incierto, la naturaleza hizo lo suyo, y los vecinos hacían esfuerzos para superarse luego del trágico desborde de su principal río, que se llevó vidas y el “Puerto”, su principal actividad económica.
Ahora la ciudad sólo ostentaba el título de capital por derecho histórico, pero siempre estaba esa sombra del abandono y postergación, y así se fue generando año tras año.
En 1967, el fuego consumió la Intendencia, la sede gubernamental del representante presidencial que se ubicaba frente a la Plaza, otra gran pérdida para Puerto Aysén. Tras gestiones del Intendente de la época, Gabriel Santelices, se generó el proyecto construir un nuevo edificio, pero en la naciente Ribera Sur, algo que no cayó muy bien entre los habitantes ya que no entendían como se trasladarían los servicios públicos a un sector aún inhabitado. A pesar de las oposiciones, la obra se hizo entre 1970 y 1971.
Pero, ya en 1970, la campaña por trasladar la capital a Coyhaique se había hecho pública, según la edición N° 155 del Diario El Farellón del 29 de Mayo de 1970 titulaba una verdadera guerra entre ambas ciudades: “La campaña iniciada por la Junta de Adelanto de Puerto Aysén en favor de la concentración de las Oficinas Públicas de carácter provincial en Puerto Aysén, mitad de las cuales están en Coyhaique; la obstrucción temporal del camino entre las dos ciudades rivales, el envío de una Comisión a Santiago para que Puerto Aysén y no Coyhaique fuera la sede de la XIII Zona de Salud y otros hechos han provocado una notoria reacción en nuestra ciudad que ha desembocado en la constitución de un Comité Cívico que en manifiesto público ha solicitado al Gobierno el traslado de la capital de la provincia a Coyhaique”.
Luego de conversaciones y considerando que todo se daba en medio de las campañas electorales de aquel año, ambos comités rivales decidieron no tocar más el tema.
Pero llegada la dictadura militar y con su proceso de regionalización impulsado en 1974, la antigua provincia de Aysén fue convertida en la «XI Región», con capital en Coyhaique. La nueva región empezó a funcionar el 1 de agosto de 1974. Unos meses después, recibió el nombre de «Región Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo».
(Decreto 575 del 10/7/1974)
